專科畢業和本科論文均實行網上申報。同時通過全部專、本課程的考生，先在網上申報專科畢業和本科畢業論文，再到所屬區縣自考辦進行專科畢業初審。初審合格考生，憑區縣出具的畢業回執單到本科畢業論文審核現場（具體設置地點見《北京市高等教育自學考試本科畢業論文申報憑單》）審核。若考生專科、本科為自考相同專業，按上述過程即可完成申報。若考生專科、本科為自考不同專業，要持專科畢業回執單先到北京教育考試院自考辦辦理本科接考手續，再到論文審核現場審核。
還有一部分考生專科階段在大專院校學習，雖已畢業并通過自考本科段的全部課程，但此時尚未拿到專科畢業證書，這種情況也可申請本科畢業論文。尚未拿到畢業證書的高校在校專科生，考完自考本科專業計劃所有課程（含加考課）可按專科學歷接考自考本科，并申請自考本科畢業論文，但需要畢業高校教務部門出具畢業證明，考生持證明到本科論文現場進行審核。待取得專科畢業證書后，考生再持專科畢業證書到北京教育考試院自考辦補辦本科接考手續。接考手續要于本科畢業前辦妥。
